Un champignon hallucinogène sème la mort sur l'île de Kyushu. Tandis que la menace se rapproche de Tokyo, une rumeur enfle : les victimes se transformeraient en fantômes. Des enfants s'amusent dans les ruines d'un Japon postapocalyptique à la recherche d'un moyen de communiquer avec les morts. Akio s'occupe du mieux qu'elle peut de sa petite soeur Harumi, mais cette dernière se renferme progressivement sur elle-même, comme si le monde lui paraissait monstrueux.
Le temps s'est figé. Un homme, qui a échappé au phénomène, erre dans la ville au milieu des habitants immobiles. Mais est-il vraiment seul dans cette situation ? Sanae et Sasami dirigent le club de théâtre de leur lycée. La talentueuse Sonou, qui souffre de phobie sociale, rejoint la troupe. Bientôt, dans ce monde où la technologie régule les émotions, un triangle amoureux malsain s'instaure. Un jeune homme s'éprend de celle à qui il a vendu un tableau de son père représentant une montagne.
Lors d'une randonnée, le couple découvre le même panorama. Mais la jeune femme disparaît. Grâce à son cousin chercheur, une adolescente utilise un système de réalité augmentée connecté à un ordinateur quantique unique au monde. Commence alors une sorte de voyage dans le temps sur les traces du dirigeable LZ127 Graf Zeppelin.