Un tout nouveau monde voit le jour, un monde où cohabitent plus de mutants que jamais. La vie n'en est pas plus facile et bien des complications retournent la ville de New York ! Les conséquences de la bombe mutagène lancée par Old Hob continuent d'affecter New York de façon de plus en plus inquiétante. Alors que le gouvernement s'efforce de faire face à une crise humanitaire, des mutants commencent à disparaître.
Les Tortues se mettent à la recherche d'indices qui les mènent jusqu'à la mer. C'est là qu'elles découvrent qu'une chose terrifiante sévit désormais dans les profondeurs ! Pendant ce temps, une dispute entre Baxter et April éclate et pourrait entraîner des conséquences désastreuses dans le quartier mutant, où l'existence est à jamais bouleversée...