Patrick "le Tueur des mers" était autrefois un terrible pirate avant de choisir de mener une vie bien plus tranquille. Jusqu'à ce que les brigands du Capitaine Blackheart réduisent sa maison en cendres et l'emprisonnent dans la plus grande cité sous-marine de l'Overworld. Le Capitaine Blackheart veut que Patrick lui révèle où se trouve le légendaire Glaive des mers, une relique aux pouvoirs illimités. Heureusement, Patrick parvient à s'échapper. Avec l'aide de Trish, la jeune crafteuse, il va devoir redoubler de courage et affronter les creepers pour retrouver à temps le fameux Glaive des mers. Si l'objet tombait entre de mauvaises mains, les ténèbres s'abattraient sur le monde...
