Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki à la fin de la Seconde Guerre mondiale, la famille Yggdmillennia se sépare 60 ans plus tard de l'Association des Mages. Leur rébellion provoque une division entre 2 factions de maîtres, invoquant chacun 7 esprits héroïques pour une guerre de front entre 14 Servants, le tout surveillé par Ruler, servant médiateur envoyé directement par le Saint Graal...
Alors que la faction des Rouges bat en retraite, Astolfo, le Rider des Noirs, profite de la confusion pour aider l'homoncule s'étant libéré de sa cuve à quitter la forteresse des Yggdmillenia.
