Miraculeusement sauvé des flammes lorsqu'il était enfant, Shirô Emiya est un adolescent ordinaire, ou presque... Elevé par Kiritsugu Emiya, un mage lui ayant appris les bases de la magie, le garçon poursuit une scolarité paisible. Pourtant, sa vie bascule lorsque la ville de Fuyuki est désignée pour accueillir la cinquième Guerre sainte. Pour remporter le Saint Graal, la coupe sacrée exauçant n'importe quel souhait, sept mages accompagnés de leur esprit héroïque s'affrontent dans une Battle Royale sans merci. Enrôlé malgré lui dans un tourbillon d'événements qui le dépassent, Shirô doit réussir à survivre tout en protégeant la douce Sakura, dont les sombres secrets semblent profondément liés au Saint Graal.
