Les arbres évolutifs, ou phylogénies, racontent une histoire, l’histoire des êtres vivants, de leur morphologie et de leurs gènes, mais aussi, l’histoire des langues, des textes, des faits culturels ou même des idées. Ces arbres sont avant tout des hypothèses sur les liens de parentés qui exigent réflexions à la fois sur les faits et sur les méthodes. Ce livre définit les concepts fondamentaux de la reconstruction phylogénétique. Il explique la nature et la diversité des approches pratiquées depuis leurs balbutiements au XIXe siècle jusqu’à nos jours. Il insiste, de manière pédagogique et aussi objectivement que possible, sur leurs performances et leurs limites, en fonction de la nature des données étudiées.

Cet ouvrage constitue une version largement augmentée de La Reconstruction phylogénétique. Concepts et méthodes publié en 1993 dans la collection « Biologique théorique » des éditions Masson. Il tient donc compte des méthodes et débats qui ont marqué l’évolution rapide de la discipline ces vingt-cinq dernières années.

Il s’adresse aux étudiants des 1er, 2e et 3e cycles et aux chercheurs non spécialistes de phylogénie mais désireux de connaître l’état actuel de la question.