Kirito, Asuna et Alice sont de retour de l'Underworld depuis quelques mois. Les jeunes gens et leurs proches coulent des jours paisibles, quand soudain, un événement imprévu vient bouleverser leur quotidien : l'intégralité des mondes virtuels de The Seed est précipitée dans un univers dont personne n'a jamais entendu parler ! De nouveaux défis, de nouvelles rencontres et un système de jeu totalement différent les attendent !
