La propagation de la bactérie Pandora progresse lentement mais sûrement à Tokyo sans que ses habitants s'en rendent compte. Mais le jeune Rin Tachibana, lui, connaît bien les méfaits de ce microorganisme, car il en est l'un des touts premiers infectés. Avec l'aide de ses camarades, Kotaro et Kitori, il décide donc d'éradiquer le mal à la racine en éliminant les "mushrooms", ces créatures maléfiques générées par Pandora. La force surhumaine acquise suite à sa contamination lui suffira-t-elle pour empêcher la catastrophe tant redoutée ?
