Rin Tachibana a été contaminé par Pandora, une redoutable bactérie d'un genre nouveau, capable d'altérer les cellules de son hôte jusqu'à en générer une copie conforme. En plus du supplice physique que la bactérie lui fait endurer, Rin connaît le désespoir de voir sa propre copie massacrer son grand-père adoré. Poursuivi par la police et grièvement blessé, Rin erre dans Tokyo sans savoir que la ville est déjà infestée par ces copies ou "Mushrooms"...
