Kii Kogami est un lycéen qui s'ennuie et rêve de sortir avec une belle fille. Son monde bascule quand une fillette armée d'une baguette magique assassine son professeur de sport avant de s'en prendre à tout le lycée. Les quelques survivants du massacre fuient, mais tout le pays semble avoir été envahi par ces magical girls, des zombies dotés de superpouvoirs...
