Cet ouvrage publié en 1894 est le dernier écrit de François Puaux et son projet est clair, établi de longue date : retracer l'histoire du protestantisme français réformé et s'adresser à un public protestant. Cette histoire n'est pas celle de tout le "peuple protestant" français, mais celle de ceux et de celles qui ont appartenu aux églises réformées françaises. La démonstration de Puaux est simple et souligne, pour lui, une évidence : il existe un protestantisme français. Auguste Sabatier dira de lui : "Comme ses pères, comme le grand Coligny, il était protestant et français dans les moelles ; il l'était d'instinct, de sang et d'esprit". Les faits relatés dans cet ouvrage paraîtront familiers à de nombreux lecteurs. Ils appartiennent à une histoire qui leur a été transmise et qui revient à l'esprit à la lecture. Mais il serait dommage que ce livre ne soit lu que par les seuls descendants des lecteurs pour lequel il a été écrit : les protestants de la fin du XIXe siècle. L'Histoire populaire du protestantisme français saura intéresser à présent tous les publics : protestants, non protestants, croyants, non croyants et de tous âges. Un élément les réunira tous : le plaisir de lire Puaux.
