Dans l'Angleterre du début du XIXe siècle, John Huffam, élevé dans un village perdu, consacre sa vie à percer le secret de ses véritables origines et à combattre un mystérieux et dangereux ennemi. Le journal que Mary laisse à son fils en le quittant permettra-t-il à John, désormais livré à lui-même, d'éclaircir les mystères de sa généalogie ? Des pages entières ont été arrachées, et il n'en reste qu'un puzzle des plus énigmatiques.
Des indices orientent pourtant l'adolescent vers de nouvelles pistes...
