En 1764, Pascal Paoli reste persuadé que les Français ne viendront pas en Corse. La conquête presqu'achevée de l'île et la fin des combats avec les troupes génoises masquent le principal échec du Généralat, l'incapacité du gouvernement corse à installer la question corse dans un grand règlement international. Les Corses continuent d'apparaître comme des rebelles face au maître génois dont la domination sur l'île est reconnue internationalement. Le développement de la course dans cette partie de la Méditerranée crée de plus une crise avec la Régence de Toscane. Parmi les principales mutations, on trouve la création de l'Université de la Corse : Paoli compte sur son université pour fournir les cadres nécessaires à l'administration de l'île, notamment à l'intérieur des Magistrati où il est régulièrement obligé de réclamer aux titulaires qu'ils restent en place au détriment de la bonne gestion de la Corse.