Terreur au Pays basque : en 1984, les indépendantistes d'ETA réfugiés en France, d'où ils planifient des attentats sur le sol espagnol, tombent régulièrement sous les balles des Groupes antiterroristes de libération (GAL), de mystérieux "escadrons de la mort" très bien renseignés. Cette dérive sanglante et les tentatives de négociations secrètes entre l'Elysée et la direction militaire de l'ETA pour y mettre fin sont au coeur de Sanctuaire.
Le scénario remet à jour un thème du western classique : la frontière, incontrôlable et propice aux activités clandestines en tout genre. Avec ce territoire coupé en deux, l'intrigue, inspirée de faits réels, prend une dimension épique. En intégrant de nombreuses images d'archives, ce téléfilm réhabilite la fiction comme instrument de connaissance. La reconstitution fictionnelle permet se replonger dans cette période trouble de l'histoire récente pour découvrir les coulisses du pouvoir français, ou comprendre à quoi pouvait ressembler une réunion des dirigeants d'ETA.