Vivez les aventures du célèbre sous-marin de la Seconde Guerre mondiale, devenu le secret le mieux gardé du IIIe Reich. En survivant à l'enfer de sa dernière patrouille, l'U-47 réussit l'exploit de vaincre la fatalité. L'amirauté décide alors de mettre le bâtiment aux services d'une unité des forces spéciales menant des actions en mer et sur terre afin de remporter la victoire sur l'Atlantique. Rescapé par miracle, l'U-47 retourne à sa base, lourdement endommagé. Son équipage peine à le maintenir à flot tant les dégâts sont importants. Devant l'état de l'épave, le haut commandement allemand décide de l'utiliser une dernière fois contre les chantiers navals anglais de Portsmouth. Le commandant Prien et ses hommes plongent alors dans un cercle vicieux de contre-espionnage et d'agents doubles, où l'U-47 va servir de cheval de Troie piégé...
