1945. La guerre est terminée, l'armistice est signé. Mais à ce moment précis, le jeune lieutenant Hiro Onoda, formé aux techniques de guérilla, est au coeur de la jungle, sur l'île de Lubang, dans les Philippines. Avec trois autres hommes, il s'est retrouvé isolé des troupes à l'issue des combats. Toute communication avec le reste du monde est coupée, les quatre Japonais sont cachés, prêts à se battre sans savoir que la paix est signée.
Au fil des années, les compagnons d'Hiro Onoda disparaîtront et il demeurera, seul, guérillero isolé en territoire philippin, incapable d'accepter l'idée inconcevable que les Japonais se soient rendus. Pendant 29 ans, il survit dans la jungle. Pendant 29 ans, il attend les ordres et il garde sa position. Pendant 29 ans, il mène sa guerre, au nom du Japon.