Afin de minimiser les effets sur la biodiversité, l'ouvrage final doit s insérer de manière optimale dans son environnement direct. Il y a donc lieu de minimiser le rapport entre surfaces artificielles et surfaces non-bâties, afin de supprimer toute imperméabilisation des sols et fragmentation des habitats, tout en renforçant au maximum la présence des communautés animales et végétales sur le site. Le bâti peut également servir de support à la production de biomasses (végétalisation et/ou agriculture sur le toit). Les techniques usitées, le savoir-faire, la créativité et l'innovation technologique permettront de basculer vers des interactions positives. C'est à la mise en oeuvre de ces préceptes qu'est consacrée ce second guide de la biodiversité de Natureparif.