Pour défendre l'humanité contre les nostrems, une espèce inconnue qui a déjà exterminé des milliards d'humains sur différentes planètes, Yhué encourage son compagnon, Sohann, à rejoindre l'armée. Mais lors d'une attaque, Sohann est tué, et Yhué est recueillie à bord de l'Arche, un gigantesque vaisseau spatial dirigé par Mère, une jeune femme autoritaire vénérée comme un gourou et qui semble cacher un mystérieux projet...