En voyage au Guatemala, deux journalistes de la BBC trouvent un crâne de cristal dans les ruines d'un temple maya et découvrent que d'autres crânes ont refait surface dans le monde entier. Selon une vieille légende indienne, il existe treize anciens crânes de cristal qui renferment d'importantes informations sur les origines de l'humanité et son destin. Un jour, si l'on en croit ces prophéties ancestrales, tous les crânes de cristal seront réunis et l'humanité sera prête à percer le secret de la vie et de la sagesse. Intrigués, les journalistes vont mener leur enquête et rencontrer des scientifiques de haut niveau, des archéologues, des chasseurs d'ovnis, des médiums et des shamans. Du British Museum de Londres aux forêts d'Amérique centrale, ils vont tenter de déchiffrer les mystères de ces crânes aux pouvoirs troublants dont l'origine se perd dans la nuit des temps.