Les derniers jours du XIXe siècle. Aura Institoris, une jeune fille au caractère bien trempé, a grandi dans le labyrinthe de couloirs obscurs du château de ses ancêtres, bâti sur un récif de la Baltique. Lorsque son père, l'alchimiste Nestor Nepomuk Institoris, est assassiné sur l'ordre de son plus terrible rival Lysander, Aura se trouve entraînée malgré elle au cœur d'un conflit entre initiés dont les racines remontent jusqu'au Moyen Age. Aux côtés de son frère adoptif, le sombre Christopher, la jeune fille décide de relever le défi et d'affronter le meurtrier de son père qui fomente ses plans dans les catacombes situées sous le palais de la Hofburg à Vienne. S'initiant à son tour aux terribles secrets de l'alchimie, elle va braver les intrigues et les dangers, croiser l'amour en la personne du mystérieux Gillian, le tueur hermaphrodite, et partir sur la piste du plus grand mystère de l'humanité: l'immortalité...