Accusé d'avoir volé un rubis, John va devoir enquêter aux côtés du grand détective Toadius McGee ! Après la mort de sa mère, John Boarhog, âgé de douze ans, n'a vraiment pas envie d'être envoyé au Jersey Home for Boys, où les enfants sont forcés de fabriquer des jeans serrés pour les hipsters et ne mangent que du chou frisé. A la place, il se crée un petit chez-soi confortable dans le plafond du Musée d'Histoire Naturelle de New York, où il lit tout ce qu'il peut trouver et explore les artefacts après la fermeture.
Mais lorsque qu'un rubis égyptien disparaît, John est accusé d'être le voleur. Jusqu'à ce que l'imprévisible inspecteur Toadius McGee intervienne pour prendre l'affaire en main, persuadé que le véritable coupable est un criminel notoire qu'il traque depuis des années. John devient rapidement le Watson de Toadius, alors qu'ils parcourent New York, des ruelles sombres de Broadway aux bars clandestin qui ne servent que de la bière au gingembre.
Et en chemin, John découvre des secrets sur son propre passé, sur une certaine ligue secrète, et surtout, sur le fait qu'il est probablement beaucoup plus impliqué dans ce réseau de joyeux lurons qu'il n'aurait pu l'imaginer...