Lors d'un sommet avec le Qatar, Jason Bourne est engagé pour prendre la place d'un membre du gouvernement américain que l'on sait menacé. Soudain, des hommes armés font irruption et tuent l'ensemble des participants, sauf Bourne. Mais leur cible n'est pas le haut responsable politique : il s'agit de Bourne lui-même. Kidnappé et conduit dans un bunker, il se retrouve face au terroriste El Ghadan qui retient captive Sorava Moore, amie de Jason Boume, ainsi que la fillette de celle-ci. Pendant ce temps, le président des Etats-Unis est sur le point de se retirer d'un accord de paix historique entre Israéliens et Palestiniens. Un retrait qu'El Ghadan prétend empêcher. Il contraint alors Bourne à mener une mission très spéciale : assassiner le président. Jason Bourne se retrouve face à un choix impossible : sauver Sorava et sa fille, ou le Président des Etats-Unis.
