Nous sommes en 1940 sur l'île de Céphalonie, un petit paradis au large de la Grèce. Pélagia, la fille unique du Dr Yannis, écrit longuement à son fiancé Mandras, un jeune pêcheur parti au front. Bientôt, l'île se retrouve occupée par l'armée italienne. Le Dr Yannis doit héberger chez lui le capitaine Corelli. Sans nouvelles de Mandras, Pélagia tombe sous le charme du bel officier et de ses airs de mandoline. Mais les catastrophes se déchaînent. Aux Italiens succèdent les Allemands et leurs atrocités. Et comme si les dieux avaient à jamais abandonnés Céphalonie, la terre elle-même se met à trembler. L'amour si fragile de Pélagia et Corelli peut-il survivre à tant de haine, de peur et de folie ? Peut-on continuer à vivre quand il ne reste que le souvenir, la tendresse, la musique à leur opposer ?
