La deuxième partie (livres IV-VI) de l'Histoire ecclésiastique couvre les trois-quarts du VIe siècle, du règne de Justin Ier (518-527) à celui de Maurice qui commence en 582. Elle se rapproche progressivement d'une histoire classique, politique et militaire.

Évagre a puisé aux meilleures sources : Procope de Césarée, les archives d'Antioche , et plus encore sa propre expérience. il a éprouvé dans ses plus chères affections les ravages de la peste, récurrente depuis Justinien ; il a vu de ses yeux la splendeur de Sainte Sophie, dont il donne une description aussi exacte qu'éblouie ; il a lu directement, sur les présents envoyés par le Roi de Perse au sanctuaire du martyr Serge, les inscriptions exprimant la gratitude royale pour les interventions miraculeuses du saint. Son art d'écrire donne vie à de hautes figures comme l'évêque politique Grégoire d'Antioche ou l'empereur Maurice, aussi bien qu'aux héros de la foi chrétienne, moines, ascètes, thaumaturges, saint stylites tel Syméon, objet d'une vibrante admiration.

Légitimement fier de son uvre, Évagre est pour nous un témoin du double attachement, à la tradition classique et à la foi chrétienne, qui soude et nourrit l'élite cultivée de l'Empire d'Orient.