Moins fameux que le Periphyseon, le Commentaire sur l'Evangile de Jean de Jean Scot Erigène (IXème siècle) est cependant d'un grand intérêt pour l'histoire de l'exégèse biblique au Moyen Age. Son originalité tient au fait que, à la différence des autres commentateurs latins de cet évangile, Erigène ne se contente pas d'exploiter les Tractatus de saint Augustin, mais a recours aussi à quelques Pères grecs (Grégoire de Nysse, Denys l'Aréopagite et Maxime le Confesseur), que personne pratiquement, en Occident, n'avait lus avant lui. De ce commentaire nous ne possédons qu'un seul manuscrit, mais infiniment précieux, puisqu'il est l'exemplaire de travail de l'auteur. Conservé à Laon depuis le IXème siècle, ce manuscrit semble n'avoir jamais été recopié. En tout cas, il est sûr qu'il a été peu lu. Au XIIème siècle, cependant, il se trouva un lecteur qui sut l'apprécier, le compilateur de la Glose Ordinaire sur l'Evangile selon saint Jean. Ce compilateur, très probablement Anselme de Laon (†1117), y puisa largement pour composer le réseau de gloses, tant marginales qu'interlinéaires, qu'il tissait autour du texte sacré. Ainsi grâce à la Glose Ordinaire, ce "pain quotidien des théologiens du Moyen Age" comme on l'a appelée, le Commentaire sur l'Evangile de Jean fut accessible, dans une mesure fragmentaire certes, mais non négligeable, aux théologiens latins, entre autres à saint Thomas d'Aquin.