Ces « Trois livres à Autolycus », imprégnés de culture grecque relèvent du genre protreptique. Au-delà d'Autolycus - personnage réel ou simple fiction? -, Théophile s'adresse à tout lecteur païen. Le Livre I traite de l'essence du Dieu invisible, bien différent en cela des dieux païens, dont l'apologiste dénonce les crimes et les turpitudes, et répond aux objections d'Autolycus contre la résurrection. Au Livre II, Théophile oppose aux fables des poètes grecs (Homère, Hésiode) et aux contradictions des philosophes, la doctrine des prophètes sur l'origine du monde il se livre pour cela à une exégèse détaillée du récit de la Genèse en s'attachant surtout aux trois derniers jours de la création. De manière quelque peu inconséquente après ses critiques adressées aux philosophes et aux poètes, il note pourtant des convergences entre leurs déclarations et l'enseignement des prophètes sur le vrai culte à rendre à Dieu, et cite des oracles de la Sibylle (inconnus par ailleurs) en faveur de la foi monothéiste. Pour montrer la supériorité de la religion chrétienne, le Livre III revient une nouvelle fois sur les erreurs des philosophes et des poètes et sur les crimes attribués à leurs dieux (anthropophagie, inceste, adultère), avant de réfuter l'objection d'Autolycus sur l'origine récente du christianisme et des livres prophétiques. Il s'achève par l'établissement d'une chronologie depuis les origines du monde. Première apologie à tenter une démonstration positive de la religion chrétienne plutôt que de s'en tenir presque exclusivement à réfuter des objections, l'ouvrage offre par ailleurs une réflexion encore débutante sur la théologie trinitaire (première attestation du mot Trinité).