Le manuscrit clandestin représente un genre très particulier de la communication philosophique : on peut envisager le Colloquium Heptaplomeres de Jean Bodin comme l'archétype du genre, mais les quelques 200 textes répertoriés et correspondant à près de 2000 copies remontent pour la plupart à la deuxième partie du XVIIe et au siècle suivant. L'ancêtre véritable de cette littérature foisonnante
s'avère être le Theophrastus redivivus qui, à une date assez précoce (1659), fixe le paradigme du traité philosophique clandestin, dans ses traits les plus radicaux : rigoureux anonymat, critique rationaliste de la philosophie et de la Malebranche, à la métaphysique spinoziste ou au mécanisme de Hobbes, à la méthodologie empiriste de Locke.
Surtout, ils essayent des voies nouvelles, par la combinaison de parcours philosophiques parfois hétéroclites, dans la conviction que l'histoire culturelle européenne devrait être lue " entre les lignes ", à la recherche d'une vérité cachée au-dessous des professions officielles de foi des écoles ou des auteurs.
