La civilisation islamique traditionnelle avait réglé d'une façon particulièrement efficace le problème des minorités religieuses. Alors qu'elles étaient généralement proscrites en Europe chrétienne, l'Islam leur avait laissé une possibilité d'existence, de fait ou de droit : les sectes musulmanes hétérodoxes qui prétendaient au pouvoir politique étant, ainsi que certaines sectes chrétiennes particulièrement turbulentes, rejetées au loin, dans des refuges montagneux ou désertiques souvent, et en tout cas dans des localisations périphériques d'où elles ne pouvaient se révéler menaçantes ; tandis que la plupart des " gens du Livre " (Chrétiens, Juifs, Zoroastriens), qui acceptaient la subordination, étaient accueillis dans la société dominante, où ils connurent parfois de remarquables réussites sociales.
Ce système, fondé à la fois sur la ségrégation et le pluralisme, n'a pas résisté au grand mouvement d'occidentalisation et de modernisation, conduisant à de vastes mouvements de population et au morcellement territorial, issu de l'Europe, qui a affecté depuis près de deux siècles les pays d'Outre-Méditerranée. Naguère refoulées ou subordonnées, les minorités se sont lancés dans le jeu politique, avec parfois des succès exceptionnels leur permettant d'accéder, au moins temporairement, au pouvoir suprême (Manonites au Liban, Alaouites en Syrie), ou tout au moins de prétendre à un rôle éminent. C'est, ce sera, la source de redoutables conflits qui affectent gravement la cohésion des Etats entre lesquels est découpée cette aire culturelle, conflits qui entravent la formation de véritables nations, et sont pour le monde musulman dans son ensemble un principe majeur de faiblesse.
