Deuxième volet de la série Les Trois Villes, Rome a paru en 1896. On y retrouve l'abbé Froment : ayant écrit un ouvrage où il résume son expérience très critique de la société, il se rend à Rome pour défendre son livre qui risque d'être condamné et mis à l'Index. Il souhaite rencontrer le pape Léon XIII (cet entretien est le sommet du roman). On assiste aux intrigues, aux rivalités du "monde noir".
L'audience papale entraîne le dénouement. Le héros s'effondre, se rétracte, mais perdra la foi et gagnera Paris, pour une vie nouvelle (qui donnera lieu au troisième volet du cycle). L'intérêt du livre réside non seulement dans l'itinéraire intellectuel et spirituel du héros, prêtre en proie au doute, mais dans la peinture psychologique et sociale des milieux du Vatican, sujet que très peu de romans ont abordé en France.
Le christianisme peut-il se renouveler, proposer un remède aux malheurs de l'humanité ? Zola ne le croit pas, mais son héros ne le découvrira, bien sûr, qu'à la fin du livre : "Si le catholicisme peut s'allier avec la démocratie, jamais il ne s'entendra avec la science, et c'est la science qui le tuera."
