Le rat Montagu vit à New York, ou plus exactement sous New York. Le jeune Montagu connaît encore peu de choses du monde extérieur, jusqu'au jour où, au cours d'une de ses rares expéditions loin du nid familial, il sauve la vie d'Isabelle, une ravissante rate aux yeux brillants. Il découvre alors qu'une multitude de rats peuplent la ville. Des rats qui, menacés d'extermination par les hommes, commencent à s'organiser pour assurer la défense de leur espèce.
