L’ouvrage présente, selon un regroupement thématique, quelque 160 événements, affaires ou légendes qui résistent à la plupart des explications rationnelles et révèlent dans notre histoire l’importance de l’imaginaire collectif.

Organisation par thèmes
1. Mystères des origines
2. Enigmes de la Bible et du christrianisme
3. Enigmes de la nature
4. Ecritures, textes et nombres
5. Bêtes, créatures et monstres
6. Esotérisme
7. Paranormal
8. Peuples et civilisations
9. Enigmes de l’histoire mondiale
10. Enigmes de l’histoire de France

Présentation pour chaque énigme:
- Une présentation du contexte historique.
- Une mise en perspective avec des mystères apparentés (ex: les liens entre « les Mines du roi Salomon » et tous les autres Eldorados à travers l’histoire?).
- Une double page par énigme.