Bob et sa femme sont deux anciens Super qui mènent désormais une vie paisible avec leurs trois enfants Violette, Flash et Jack-Jack. Un jour, une mystérieuse femme propose à Bob de revêtir son costume de M.Indestructible. Il doit alors faire face à un nouvel ennemi : Syndrome. Ce dernier a élaboré un plan machiavélique qui met en danger les habitants de Municiberg. La famille Indestructibles parviendra-t-elle à le vaincre ?