La guerre galactique est déclarée! Les Séparatistes, menés par le Comte Dooku affrontent l'armée des clones, des soldats surpuissants soutenus par les Jedi. R2-D2 est entre les mains des Séparatistes. Le Général Grievous est prêt à tout pour découvrir les secrets de la République contenus dans la mémoire du petit droïde. Pour sauver R2-D2, Anakin et Ahsoka désobéissent aux ordres d'Obi-Wan et s'introduisent dans la base séparatiste...
