Saison 1 & OAV "The Laughing Man" : 2030. Le monde entier est tissé de réseaux électroniques. Une force spéciale d’intervention, la Section 9, a été mise en place par le Ministère de l’Intérieur pour traquer la cybercriminalité. Elle est dirigée par le Major Motoko Kusanagi, dont le corps est entièrement cybernétisé. La Section 9 enquête sur les agissements d’un hacker de génie dénommé “le Rieur”. Considéré comme un dangereux criminel du fait de ses exactions et de ses hacks de cyber-cerveaux, il semble cependant être animé par une noble cause… Sur la piste du Rieur, la Section 9 va alors plonger dans un vaste complot médico-politique. ------- Saison 2 & OAV "Individual Eleven" : Six mois après la résolution de l’affaire du Rieur, des terroristes se faisant appeler “les onze individuels” prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage. La Section 9 a pour mission de sauver les victimes prises dans ce conflit. L’équipe d’Aramaki enquête alors sur un complot impliquant le nouveau gouvernement et les réfugiés politiques qui ont aidé à la reconstruction du pays. Motoko Kusanagi et son équipe sont alors contactés par le non moins mystérieux qu’effrayant Kazundo Goda, un agent de l’ombre apparemment très influent au gouvernement.
