Madoka Kaname est une jeune fille qui vit avec ses amies Sayaka Miki et Hitomi Shizuki dans la ville de Mitakihara. Lors d'une journée banale au centre commerciale, elle sauvera un petit animal des griffes de sa camarade de classe fraîchement transférée : Homura Akemi. Cet acte anodin va bouleverser son quotidien. En effet, l'animal se nommant Kyuubey, a la capacité d'exaucer les voeux des jeunes filles. En échange, celles-ci sont sollicités pour combattre des sorcières dans des dimensions extra-terrestres, combats qui sont non sans risques. Ces jeune filles deviennent alors des Puella Magi.
